狼疮性肾炎的预后问题，肾病医学界曾经一度悲观无奈，很多研究狼疮性肾炎的权威学者认为狼疮性肾炎易反复发作。由于狼疮性肾炎预后难，使大约20%的狼疮性肾炎患者将于10年内发展为尿毒症，成为系统性红斑狼疮患者死亡的主要原因之一。另有一些学者统计，狼疮性肾炎患者50%死于狼疮活动本身，而另有50%则死于激素等治疗的不良反应。
近年来，随着对狼疮性肾炎进行早期诊断、制定联合糖皮质激素及细胞毒药物等严格的治疗方案，使得狼疮性肾炎的预后有了很大程度的改进。正因为此，使很多狼疮性肾炎患者对狼疮性肾炎预后难的观念彻底打破，积极配合医生治疗，使得狼疮性肾炎的预后更好。
另外，通过临床抽样调查结果显示，与狼疮性肾炎预后紧密相连的另一个因素则是感染。感染已与尿毒症并列成为狼疮性肾炎的第一死亡原因（各占33%）。狼疮性肾炎患者发生感染，主要累及肺部（占80%），其次为脑部（占14%）。因此，防治感染已经成为进一步提高狼疮性肾炎生存率的重要目标和突破口，也是提高狼疮性肾炎预后的重要途径。
总之，针对狼疮性肾炎的治疗以及狼疮性肾炎的预后情况，必须把握三方面的问题：控制狼疮性肾炎的活动、预防复发和防治狼疮性肾炎并发症。只有将这三方面的问题解决好，才能控制狼疮性肾炎的病情恶化进展，才能从根本上改善狼疮性肾炎患者的生存质量，使狼疮性肾炎的预后质量更进一步。
