常见的甲状腺疾病，如甲状腺功能亢进、甲状腺功能减退（低下）、桥本氏病（慢性淋巴性甲状腺炎，多有甲状腺功能减退）等属于自身免疫性疾病，不仅有甲状腺功能的异常，且有免疫功能的异常，血清中含有高浓度的抗甲状腺球蛋白抗菌素体和抗微粒体抗体。这些抗体可通过胎盘，进入胎儿体内，导致新生儿甲状腺功能减退、低下。母亲产后由于免疫功能的变化，可使甲亢和甲减的病情加重。母乳具有浓缩碘的能力，通过乳汁，如甲减、慢性甲状腺腺炎，会影响乳汁向婴儿提供碘，导致婴儿碘的不足，发生甲状腺功能减退，而波及脑组织和骨骼的发育。因此这种情况，不宜母乳喂养。
甲状腺功能减退（低下）是可以遗传的。但有的甲减如果是由于合成甲状腺激素某个环节上障碍所引起，有的也有遗传。一般新生儿出生后20~60分钟TSH会有一个生理高峰，1~4天逐渐下降，所以最好在出生30分钟内或4~7天化验。患有甲减的孩子治疗越早越好。
甲状腺功能减退是由于甲状腺素不足或缺乏引起的全身性疾病，甲减的病因尚不清楚，目前有自体免疫学说、脑循环障碍说、发育缺陷说等三种学说。
1、自体免疫学说：在克汀病人的血液中被证明有高效价甲状腺抗体;甲状腺功能减退起免疫作用的主要是淋巴细胞，提示b淋巴细胞和t淋巴细胞系统其抗原抗体产生异常。
2、发育缺陷说：有研究发现，甲减患者脑的蛋白合成和脂肪合成都有异常，并有细胞发育不良和髓鞘形成的缺陷。
3、脑循环障碍说：据研究，在甲状腺素不足或缺乏时代谢发生障碍，使脑血流量减少，血管阻力增大，因而氧耗量和葡萄糖耗量都减少，导致脑缺氧和糖代谢障碍，脑水肿可能与精神活动减退有关;心脏和其他器官也出现低氧血症。
