到目前为止，对于肝癌来说具体的发病原因我们还不是很清楚，但是这种病的发病率和死亡率都在明显的上升，这样就严重的影响了我们的生命健康。但是因为目前尚难以一种因素满意解释我国和世界各地肝癌的发病原因和分布情况，故肝癌的发生可能由多种因素经多种途径引起；不同地区致癌和促癌因素可能不完全相同，什么是主要因素各因素之间相互关系如何尚有待研究。
（一）病毒性肝炎和肝硬化 乙型肝炎病毒和肝癌关系的研究发现：①肝癌患者血清中惭型肝炎标志物高达90%以上（对照组仅约15%）；②肝癌高发区HBsAg阳性者发生肝癌机会比阴性者高6～50倍；③分子生物学研究显示我国肝癌病人中单纯整合型HBV-DNA占51.5%；④HBV的X基因可改变HBV感染的肝细胞的基因表达与癌变可能有关以上说明乙型肝炎病毒与肝癌关系密切是肝癌发生的重要危险因素，近年来丙型肝炎与肝癌关系引起注意，我国资料显示肝细胞癌中5～8%患者抗HCV阳性对照组为0～2%肝癌病例中抗HCV与HBV合并感染者多，HCV与肝癌的关系在日本极为重要，在中国还有待证实。肝硬化与肝癌关系亦令人注目，在500例肝癌尸检材料中肝癌和肝硬化合并率为83.6%，肝硬化与肝癌伴发率为49.9%，其中大结性肝硬化占73.3%，显示肝癌与肝硬化关系密切，在合并肝硬化者中56.5%有不同程度的慢性活动性肝炎病变，说明肝硬化尚在进行中，以上结果提示惭肝病毒持续感染与肝细胞癌有密切关系。推测其过程可能是乙型肝炎病毒引起肝细胞损害继而发生增生或不典型增生，从而对致癌物质敏感，在多病因参与和阶段的发病过程中可能有多种基因发生改变，即一群原癌基因被激活为癌基因以及一个或多个抗癌基因失活其结果引起细胞生长的失控肝细胞出现持续增殖最后导致癌变；
（二）黄曲霉毒素 在肝癌高发区，尤以南方以玉米为主粮地方调查，提示肝癌流行可能与黄曲霉毒素对粮食的污染有关。人群尿液黄曲霉毒素B1代谢产物黄曲霉毒素M1含量很高，黄曲霉毒素B1是动物肝癌最强的致癌剂，但与人肝癌的关系迄今尚无直接证据；
（三）饮水污染 江苏启东饮用沟溏水者肝癌发病率为60～101/10万，饮用井水者仅0～19/10万，饮用沟水者相对危险度为3.00.调查发现沟溏水中有一种兰绿藻产生藻类毒素，可能是饮水污染与肝癌发生的有关线索；
（四）遗传因素 在高发区肝癌有时出现家族聚集现象，尤以共同生活并有血缘关系者的肝癌罹患率高，可能与肝炎病毒垂直传播有关，但尚待证实；
（五）其他 引起肝癌的其他致癌物质或致癌因素被疑及的尚有：①酒精中毒；②亚硝胺；③农药如有机氯类等；④微量元素肝癌流行区水土壤粮食人头发及血液中含铜锌较高钼较低；⑤中华分枝睾吸虫刺激胆管上皮增生而产生胆管细胸癌⑥微量元素性激素放射性物质寄生虫酗酒吸烟遗传因素等；
到目前为止，肝癌的病因还不很清楚，但现在普遍认为下述的因素可能与肝癌的发病有关。
⑴肝病与肝癌的关系：目前临床上已注意到肝癌的患者常有急性肝炎→慢性肝炎→肝硬变的病史。从病理学的角度分析，在原发性肝细胞癌病人中，约有５０－８０％的病例伴有肝硬变：而原发性肝癌的胆管上皮细胞癌中，有１８。２～５０％病例伴有肝硬变。这一数字说明这两种疾病的密切关系，肝癌可能是肝硬化所引起的肝细胞过度再生的结果。另外通过对肝癌病人乙型肝炎表面抗原（ＨＢsＡg）的测定，发现肝癌病人ＨＢsＡg的阳性率高达８１。８２％。这一结果似乎说明以前曾患过乙型肝炎，但两者的关系，尚有待进一步研究。但有一点可以肯定，预防病毒性肝炎，肝硬变，对减少肝癌的发生是十分重要的。
⑵黄曲霉及其霉素：大量的科学试验已经证明，用含有黄曲霉菌或其毒素的食物，喂养实验动物，可引起动物的肝癌。所以有人认为非洲的南部比较潮湿，食物易发生霉变少，肝癌的发病率也比较低。易发生霉变的食物有大米、麦子、大豆、花生、玉米。
⑶其他：食入过多含有亚硝胺类化合物的食物，寄生虫病（主要提肝吸虫即中华分支睾吸虫）。
