口腔溃疡的病因较复杂，临床治疗要根据不同的诱因，针对性地治疗，才能获得好的疗效。如：解除精神紧张的压力、镇静、安眠、戒烟、酒等;有消化道疾患的要治疗相应的疾病，增加机体的抵抗力，对于溃疡局部，可采用局部涂擦止痛，消炎，促进愈合的药物。如：鱼肝油糊剂，强的松糊剂，养阴生肌散，溃疡膏等，或者在进食前局部涂擦局麻药，以减轻疼痛。
口腔溃疡的局部治疗方法主要目的是消炎、止痛、促进溃疡愈合，治疗方法较多，根据病情选用：
1.含漱剂 金霉素溶液，氯已定洗必泰溶液，高锰酸钾溶液，呋喃西林溶液等。
2.含片 杜米芬含片，溶菌酶含片，氯已定含片。
3.散剂 冰硼散，锡类散，青黛散，养阴生肌散，黄连散等是中医传统治疗口腔溃疡的主要药。此外，复方倍他米松撒布亦有消炎、止痛、促进溃疡愈合作用。
4.药膜 其基质中含有抗生素及可的松等药物，用时先将溃疡处擦干、剪下与病变面积大小相近的药膜，贴于溃疡上，有减轻疼痛、保护溃疡面、促进愈合的作用。
5.止痛剂 有普鲁卡因液，达克罗宁液，地卡因液，用时涂于溃疡面上，用于进食前暂时止痛。
6.烧灼法 适用于溃疡数目少，面积小且间歇期长者。方法是先用地卡因表面麻醉后，隔湿、擦干溃疡面用一面积小于溃疡面的小棉球蘸上硝酸银液或三氮醋酸酊或碘酚液，放于溃疡面上，至表面发白为度。这些药物可使溃疡面上蛋白质沉淀而形成薄膜保护溃疡面，促进愈合，操作时应注意药液不能蘸得太多，不能烧灼邻近健康组织。
7.局部封闭 适用于腺周口疮。以醋酸泼尼龙混悬液加入普鲁卡因液注射于溃疡下部组织内，有加速溃疡愈合作用。
8.激光治疗 用氦氖激光照射，可使粘膜再生过程活跃，炎症反应下降，促进愈合。
