黄花菜还是一味有效的中药。它的花、叶、根晒干后，均可入药用。
祖国医学认为，花有健胃、通乳、补血的功效，哺乳期妇女乳汁分泌不足者食之，可起到通乳下奶的作用；根有利尿、消肿的功效，可用于治疗浮肿，小便不利；
叶有安神的作用，能治疗神经衰弱，心烦不眠，体虚浮肿等症。
习惯上各种萱草的根入药不分，而作为食用只用黄花萱草的花蕾。
常用方法：
1、乳汁缺乏：用鲜黄花菜根60克，猪蹄１只，共炖熟，加适量黄酒调味，吃蹄喝汤。
2、小便不利，水肿：用鲜黄花菜根9-15克，水煎服，一日1-2次。
3、神经衰弱，心烦失眠：用黄花菜叶6克，合欢皮6克，水煎服，一日2-3次。
4、肝炎或有黄疸：用鲜黄花菜根60克，车前子9克，水煎服，一日1-2次。
5、红眼病：用黄花菜30克，马齿苋30克，水煎服，每日早晚各服1次。
注意：本品的根，久服或服用过量，可引起小便失禁。常用量为9-15克（干品）。
