乙肝抗病毒治疗是一项艰苦、长期的攻坚战，对于病情已经发展为肝硬化的乙肝患者来说，抗病毒治疗是终身性的；对于一般的慢性乙肝患者，至少要花费2年以上时间。
对于乙肝病毒e抗原阳性的乙肝患者（俗称为“大三阳”），一旦符合以下条件，就要抗病毒治疗：
1）乙肝病毒DNA定量检测大于105／毫升。
2）谷丙转氨酶水平升高，如果肝功正常，需做肝穿检查，如果肝穿病理检查结果显示炎症活动程度大于2级水平，也需要进行抗病毒治疗。治疗终点的重点是：采用PCR方法检测乙肝病毒DNA阴转，乙肝病毒e抗原／e抗体发生血清学转换（乙肝“大三阳”转为乙肝“小三阳”），这种现象出现后再巩固治疗12个月方可停药。如果有条件的话，最好在治疗终点时做肝穿检查，如果肝穿免疫组化结果显示，乙肝病毒核心抗原已经消失，此时停药更加保险。
对于乙肝病毒e抗原阴性的乙肝患者（俗称乙肝“小三阳”，这些患者虽然乙肝病毒e抗原为阴性，但是乙肝病毒DNA检测始终为阳性。这类乙肝患者病情更加复杂，治疗更有难度），这类患者只要符合以下条件就要抗病毒治疗：
（1）乙肝病毒DNA定量检测大于104／毫升。
（2）谷丙转氨酶水平升高，如果肝功正常，需做肝穿检查，如果肝穿病理检查结果显示炎症活动程度大于2级水平，也需要进行抗病毒治疗。这部分患者抗病毒治疗需要无限期长期进行。
对于处于代偿期的早期肝硬化患者，如果乙肝病毒DNA定量检测大于103／毫升，无论肝功正常与否，都要进行抗病毒治疗，选用的药物为恩替卡韦或者阿德福韦，需要长期不间断服用。
对于处于失代偿期的晚期肝硬化患者，只要乙肝病毒DNA定量检测为阳性，无论定量数值高低，都要进行抗病毒治疗。此时可以选择拉米夫定或是恩替卡韦，或是联合阿德福韦治疗，需要长期不间断服用。如果需要进行肝移植的患者，需要在手术前提前使用，手术后坚持服用。
肝硬化患者的抗病毒治疗是终身性的，一旦使用核苷类抗病毒药物，就要坚持到底，不能半途而废。
