《入殓师》以入殓师为故事核心，讲述了大悟是怎么爱上入殓师这个职业的。大悟原本是乐队里的大提琴手，乐队解散后，大悟为了生活离开东京回老家，并在老家找了一份入殓师的工作，一开始，大悟对入殓师很排斥，心理和生理两方面都接受不了，后来在社长的帮助下，大悟成为一名优秀的入殓师，那么他和妻子美香的结局是什么？当美香知道大悟是入殓师后，劝说大悟放弃这份工作，可是大悟拒绝了她的要求，美香一气之下离开了大悟，最后美香有没有回到大悟身边？
大悟从大提琴手到入殓师的转变是这部影片的核心内容，大悟回到家乡后找新工作，却误打误撞成为入殓师，这并不是大悟的理想职业，碍于生活压力，大悟决定试一试，最初，大悟看到尸体后经常呕吐，甚至吃不下东西，特别是肉类，这时候他觉得自己不适合当入殓师，当他去向社长辞职时，社长让他品尝了鱼白，大悟吃完鱼白后愿意留下来。
大悟的入殓师工作被妻子美香反感，她离开了大悟，后来，怀了大悟孩子的美香又回到大悟身边，并且接受了大悟当入殓师这件事。与此同时，大悟父亲离世的消息传来，大悟亲自给父亲入殓，发现父亲手里有一个石头，这是他小时候送给父亲的，大悟对父亲的恨意彻底消散，他的心结也打开。
大悟的梦想是做一位大提琴家，可是时运不济，乐队发生变故，大悟只能卖掉大提琴，带着妻子回家，他阴错阳差成为入殓师，大悟对入殓师并不感兴趣，一度想要放弃这份工作，最后受社长影响，大悟觉得入殓师很伟大，于是义无反顾投入这份事业中。
