正常情况下，妇女的阴道内有多种微生物寄生，阴道正常的PH值使得它们互相制约，生态平衡，阴道亦有抵制和预防生殖道感染的生理功能。当月经期，盆腔、宫腔、输卵管生殖道粘膜充血，阻止细菌上行感染的抵抗力减弱，若在经期同房，则可能致阴道或外生殖器上的微生物移位，增加上行感染的机会，造成各种生殖器官的炎症。
首先，从女性生理健康角度讲，经期同房是不可取的，因为平时，宫颈是闭合的，细菌无法进入盆腔;但是经期宫颈就会变得松弛，保护能力也会下降。如果这时同房，就很容易使细菌和血液进入盆腔，从而引发感染。更严重的是，如果逆流的经血在盆腔里残存下来，可能会造成子宫内膜异位症。而炎症和子宫内膜异位症都是导致不孕的重要因素。
此外，如果女性患有子宫内膜炎或者生殖道异常，一旦女性对精液抗原产生过敏反应，就算以后生殖道恢复正常时才性交，也会引起所谓的二次免疫反应，使得女性体内不断地产生抗精子抗体，造成女性不孕。 由此看来，经期同房危害众多，女性朋友更应该为自己健康考虑，对于伴侣的性要求，应该委婉拒绝。
