治疗强直性脊柱炎可选用甲氨蝶呤和抗肿瘤坏死因子，这两种药物属于免疫调制剂，在非类固醇消炎药控制不佳，或有严重的周边关节侵犯，肌腱骨头关节以外，如眼、心、肺的侵犯，才使用这类药物，但目前有积极用药的趋势，尤其对于有幼年发病患者，更需要使用这类药物来达到控制病程的目的
甲氨蝶呤
剂量：起始剂量约为每周5-10mg，如无不良反应，视病情加量，最大剂量最好不要超过每周15mg，一次服用副作用比较大，可分成二或三次服用。
副作用：1.过敏。2.血球数减少：各种血球（红血球、白血球、血小板）都可能减少，刚开始使用时大约一个月就要检查血常规，之后可减为三个月一次。3.肝肾机能受损：应三个月检查一次肝肾功能。4.叶酸缺乏：使用此药时应加服叶酸。5.头晕、头痛。6.间质性肺炎：发生机会小。
起效时间：约1-3个月。
对生育的影响︰无论男女性，在欲生育前半年宜停用，且女性怀孕期间不建议服用。
抗肿瘤坏死因子
近年来研究出的抗肿瘤坏死因子，有依那西普、英夫利昔单抗等，对于强直性脊柱炎的治疗具有良好的效果，但目前仍处于临床实验阶段。
沙利窦迈，肽胺哌啶酮在过去是用来治疗孕吐的镇静剂，但因致畸胎而成为禁药，最近也被发现有抗肿瘤坏死因子的效果，可以治疗强直性脊柱炎，也在临床试验阶段，欲生育的患者，不可以接受此种治疗。
