新生儿得到肠病毒的感染可能临床上无症状，呈现良性的病程，但也可能造成严重致命的疾病。经由病史的询问，显示约有59-68%的母亲在刚好要生产时有一些轻微病毒感染的症状，如发烧、呼吸道或肠胃道的症状。新生儿可能在出生的第一天就出现症状，临床征候与一般幼童不同，通常是非专一性的症状，包括发烧或体温过低、倦怠、厌食、躁动不安、黄疸、呕吐、腹胀、腹泻等。这时最好立即就医，因为这样临床的表现可能是任何一种感染病原所导致的，甚至是其它非感染的原因都有可能，所以一定要请儿科医师诊治。
新生儿得到肠病毒的感染，一般来说，是不会像幼儿得到肠病毒一样，出现咽峡炎或手足口症的症状。至于，呼吸道的症状则包括呼吸加速、流鼻涕、咳嗽、胸部凹陷甚至呼吸中止。若有皮疹的出现则较符合病毒感染的诊断。
