对于本来就体质虚弱的婴幼儿来说，活性病毒的疫苗可能促进孩子的自闭症退化。另外一个先于注射活性病毒的罪魁几乎可以肯定说就是乙烷汞，它是一种叫thimerosa的消毒液的一种成分，thimerosa作为防腐剂放在一些疫苗的多次剂量瓶中，并且这些疫苗都是国家规定必须注射的。自闭症特征跟汞中毒特征具有明显的相似性，二者都存在不同程度的自免疫失调。实际上，所有自闭症特征在前人关于汞中毒的文献中已有了描述。多年来汞一直作为抗真菌成分应用于油漆中，但是由于其毒性，直到1991年政府才下令禁止在室内用油漆中使用汞。同样的道理，联邦药品管理局（FDA）在1982年宣布停止使用乙烷汞。不幸的是，当时没有人想到把乙烷汞从例行疫苗中去除来保护我们的孩子。这些疫苗中的汞以thimerosal（一种消毒液）的一种成分的形式而存在，这种消毒液46.6%的质量是乙烷汞，作为防腐剂来增强多次剂量瓶中疫苗的抗腐化能力。但是疫苗中的乙烷汞却“腐化”了成千上万个孩子和他们的家庭。
现在诊断为自闭症的孩子们从疫苗中接触的汞超过了环保署认定的安全界限。这是因为跟以往的孩子相比，今天的孩子接受的疫苗总数多（两岁前22次），注射集中度高（短时间内多次注射），注射期早。
1991年以前，开始学会爬的孩子们就暴露在来自室内油漆的汞挥发物中。也是在1991年， FDA迫使油漆厂商把汞从室内油漆中去除。油漆厂商接受了。然而悲剧性的具有讽刺意味的是，在同一年联邦政府出于公众健康地考虑破天荒地规定所有新生儿在出生当天接受乙肝疫苗。直到2001年，这种疫苗都含有thimerosal。于是，我们看到一个政府部门把汞从油漆中拿走了，另外一个政府部门却下令给新生儿注射含汞的乙肝疫苗。根据CDC推荐的免疫计划来计算，婴儿在出生时接受的汞为12.5微克，两个月时62.4微克，四个月时50微克，六个月时62.5微克，十八个月时大约50微克。我认为出生时注射的乙肝疫苗是罪魁祸首，因为新生儿的免疫和肝脏还未成熟，带动了其后的一系列病情升级状况，导致了自闭症中普遍的胃肠和神经系统的功能不善。尽管关于thimerosal和自闭症之间的因果关系目前还没有得到确切证明，但是流行病学的资料支持这种关联。最近，医学研究院（Institute of Medicine）的人士给出结论，说这种假设也有可能是正确的。我想证明thimerosal的不利效果不过是时间问题罢了。
当英国医生Andrew Wakefield， 第一次提出MMR跟后天肠道疾病和自闭症之间可能存在一定关联时，迅速遭到了广泛的驳斥。但是，对一组自闭症儿童的发炎的肠道组织所做的专门研究在他们的肠道组织的切片中发现了麻疹病毒，而这里发现的麻疹病毒就是疫苗株。其他研究也找到了自闭症的发端跟麻疹病毒在肠道肆虐之间的关联。最近，哈佛的肠胃病学家Timothy Buie描述了近400个儿童，并且在其中一组孩子身上发现了Andrew Wakefield及其同事描述过的回肠淋巴增生的症状。另外，日本的独立研究小组川马等人报道了麻疹病毒存在于一组自闭症亚型孩子身上，这个病毒造成了血脑屏障发炎，使得少量的病毒进入中枢神经系统（CNS）。
大多数接种疫苗的儿童都接受过轻微形式的麻疹病毒注射。麻疹病毒每年传染到四千万人，并通过抑制免疫系统和干扰中枢神经系统夺取其中一百万人的生命。多数受到剧烈形式麻疹传染的人居住在不发达国家。总体来说，麻疹疫苗拯救了数以百万计的生命。然而，麻疹疫苗通常以三合一的组合形式来注射，另外两种是腮腺炎和风疹疫苗，通称为MMR。MMR据称继续挽救着数以百万计的生命，由于大量数据表明麻疹病毒的疫苗株引起肠道疾病，所以MMR也可能诱发或者推动了成千上万个退化型自闭症，这也是英国医生Andrew Wakefield的看法。直到最近，他一直在英国伦敦的皇家自由医院担任肠胃病学家和研究者。
这位备受尊敬的临床研究者发现了自闭症和MMR的特定麻疹病毒株之间的关联。前面提过，Wakefield医生在肠道组织内和外周血液单核细胞内发现了疫苗衍生的病毒基因组。这些发现推动了一个自闭症成因模型的确立，即在一些病弱的孩子中MMR激发身体的自免疫反应攻击髓磷脂保护蛋白质（MBP）。这个模型与长期从事自闭症研究的VK Singh的数据相吻合，他在文章中写到自闭症孩子的MBP抗体滴定水平偏高，通常这些孩子的麻疹病毒抗体滴定或者人体疱疹病毒抗体滴定也都偏高。
包括Bernard Rimland在内的许多专家都称赞Andrew Wakefield的研究发现为自闭症病因学发展带来了光明。尽管医学官方机构极力反对这些成果，许多家长，医生和研究者相信MMR疫苗可能是导致自闭症发病率上升的真正原因，复合疫苗（一次注射多种疫苗）的危险性更大，对于遗传和后天的病弱性孩子的不利后果更大。
