大部分肛瘘由肛门直肠脓肿破溃或切开排脓后形成。脓肿逐渐缩小，但肠内容物仍不断进入脓腔，在愈合缩小的过程中，常形成迂曲的腔道，引流不畅不易愈合，日久后腔道周围有许多疤痕组织，形成慢性感染性管道。行走在内外括约肌附近，外口皮肤生长较快，常有假性愈性，引起反复发作。管道的感染多数为脓性感染，少数为结核性。
肛门周围及骶尾部也有许多瘘管，易被误诊为肛瘘，应加以鉴别。
1、结核性肛瘘：内外口较大，边缘不整齐，瘘管常无硬变。
2、慢性结肠炎并发肛瘘(略)。
3、骶骨前瘘：由骶骨与直肠之间的脓肿在尾骨附近穿破形成，无通向肛门的瘘管。
4、肛门周围化脓性汗腺炎：该病外口较多，侵犯广泛，但无内口，与肛管无联系。
5、先天性直肠瘘：常开口于会阴或阴道，内口在肛管壁上，不在肛窦附近。
6、先天性瘘：由骶尾部囊肿化脓破裂形成，原发外口常在臀沟中点，尾骨尖附近。瘘内可见毛发，由胚胎发生。
7、骶尾部瘘：常由臀部损伤，如打击、脚踢和擦伤引起，在骶尾部形成脓肿，从而形成瘘管。
8、会阴部尿道瘘：这种瘘管是尿道球部与皮肤相通，常在泌尿生殖三角区内，排尿时尿由瘘口内流出。瘘外口位置多数与肛瘘相似，但其由瘘外口排出者为尿液。尿道瘘常有外伤史和尿道狭窄，且不与直肠相通，肛管和直肠内无内口。
9、其他：如直肠尿道瘘、直肠膀胱瘘、直肠阴道瘘等，较易与肛瘘鉴别。
