肛瘘有原发性内口、瘘管、支管和继发性外口。内口即感染源的入口，多在肛窦内及其附近，后正中线的两侧多见，但也可在直肠下部或肛管的任何部位。瘘管有直有弯，少数有分支。外口即脓肿溃破处或切开引流的部位，多位于肛管周围皮肤外，由于原发病灶不断经内口进入管道，加之管道迂曲行走于内、外括约肌附近，管壁由纤维组织构成，管内有肉芽组织，故经久不愈。
一般单纯性肛瘘只有一个内口和一个外口，这类最多见。若外口暂时封闭，局部引流不畅，则又逐渐发生红肿，再将形成脓肿，封闭的外口可再穿破或在其他处形成另一外口。如此反复发作，便病变范围扩大或有时造成几个外口，与内口相通，这种肛瘘称为复杂性肛瘘，即有一个内口与多个外口。但有人认为，复杂性肛瘘不应以外口的多少划分，而是指主要管道累及肛管直肠环或环以上者。虽然这种肛瘘只有一个外口及一个内口，但治疗比较复杂，故称为复杂性肛瘘。相反，有时肛瘘虽有多个外口，但治疗并不复杂。
肛瘘的病理表现有外口、瘘管、支管、内口组成。
①外口：是肛门周围脓肿破溃或切开的口，在肛门周围的皮肤上，多数距肌门约2～3cm。其距肛门远近不定，数目不一，可凹陷，也可突起；可伴有肉芽组织，红紫色，潜行性边缘，形状整齐，且外口较大者多为结核性瘘管。
②瘘管：连接内口与外口的管道，形状各异，可有一个，也可有多个分支。
③支管：主瘘管引流不畅，或反复感染，均可发生很多支管。探清支管对手术效果极为重要。
④内口：是肛门感染形成肛门周围脓肿的入口，多数在肛窦附近，80%在肛管后正中线两侧的肛窦发生。由坐骨直肠窝和肛门部来的血管，在肛管后方正中线两侧进入直肠，感染常沿血管周围蔓延，因此，内口多在肛管后部中线两侧。
