1.不孕
一些人误认为沙眼是沙粒吹入眼中引起的。其实，沙眼是由于感染了衣原体而造成的一种结膜和角膜的慢性炎症性眼病。这种衣原体不仅能引起沙眼，还可能导致女性不孕。
女性不孕，尤其是输卵管性不孕，其原因是多方面的，不过，真正开始把不孕当做沙眼衣原体感染的结果来认识，这还只是近些年的事情。很早以前人们就曾经注意到结核杆菌以及淋病双球菌的感染为输卵管性不孕的原因。当进入90年代后，伴随着沙眼衣原体诊断技术的不断进步，发现这一原因引起的不孕开始在不孕病人中占有一定比例。现已证明，这种生殖感染性疾病起源于宫颈管，可波及腹腔，于输卵管内腔、伞端以及周边发病，造成粘连，以致对拾卵和输送卵的功能产生不良影响，进而妨碍妊娠。
经调查妇科门诊病人发现大约10%能够检测出沙眼衣原体。而且，年龄小的年龄组发生率较高，其发生率随着性伴侣人数的增加而上升。尤其在青春期的少女，其抗原检出率相当高。因为正处于未生育年龄，对以后的妊娠和分娩将会带来严重影响。
沙眼衣原体感染的症状可表现为下腹痛和性交痛。如果此时进行药物治疗，完全可以将感染治愈，进而使可能出现的并发症——输卵管损伤消灭在萌芽之中。因此，女性不孕症在未发现其它不孕原因时，应首先想到是否感染过沙眼衣原体，并做沙眼衣原体感染抗原检查。进一步的检查还包括子宫输卵管造影，可判断输卵管的通畅情况以及有无粘连。当无法确定输卵管的通畅性时，可进行腹腔镜检查，同时可进行腹腔镜下粘连剥离，这已成为一种重要治疗手段。
2.睑内翻及倒睫
在沙眼的后期，病变可侵及睑板，因瘢痕组织收缩而变短，加之睑结膜，特别是睑板上沟部位因瘢痕而收缩，遂使睑板向内弯曲如舟状，形成典型的睑内翻倒睫。倒睫亦可单独发生，乃由于毛囊附近受病变侵犯后产生的瘢痕所致。倒睫的长期刺激，可使角膜浅层呈现弥漫性点状浸润，继而上皮剥脱，形成溃疡，称沙眼性角膜炎或沙眼性角膜溃疡，此时病人异物感、怕光、流泪、疼痛、及视力模糊等症状。应及时作内翻矫正及电解倒睫术，以免造成严重的损伤。
3.沙眼性角膜溃疡
在血管翳的末端有灰白色点状浸润，一旦破溃，即形成浅层溃疡，这些溃疡可以互相融合，形成小沟状溃疡。这种由沙眼血管翳所引起的溃疡，与倒睫所引起者，均称为沙眼性角膜溃疡。前者以用药物治疗为主，后者应做手术矫正睑内翻倒睫。
4.上睑下垂
由于上睑结膜及睑板组织增生肥厚，使上睑重量增加；同时病变侵及苗勒氏肌和提上睑肌，使提睑功能减弱，因而发生上睑下垂，治疗仍以沙眼为主。
5.沙眼性眼干燥症
由于结膜表面瘢痕化，将结膜的付泪腺及杯状细胞完全破坏，泪腺排泄管在上穹窿部的开口也被封闭，粘液和泪液完全消失，结膜及角膜变干燥，严重时结膜角膜呈弥漫性实质性混浊，上皮角化、肥厚，形似皮肤、视力极度降低，此时应点鱼肝油或人工泪液（含有甲基纤维素methylcellutose）以减轻结膜、角膜干燥。或行泪小点封闭术，以减少泪液的流出。
6.泪道阻塞及慢性泪囊炎
沙眼衣原体侵犯粘膜，可引起泪小管阻塞，或鼻泪管阻塞，进而形成慢性泪囊炎。
7.角膜血管翳
沙眼在侵犯结膜的同时，角膜上缘往往也被累及。可发生水肿，点状浸润，并有成排的新生血管长入角膜浅层，严重时可波及整个角膜，视力受到严重破坏。
