其复发的原因有以下几个方面：
(1)肛门腺处理不当：据近年来的研究表明，肛门腺感染是肛瘘的重要病因，因此，要切干净内口，以及内口附近有炎症的肛门腺及肛门腺导管;
(2)内口复杂：即瘘内口二个或二个以上时，寻找内口不完全，导致复发。另外，一些患者因肛门腺感染，又发生了肛周脓肿，导致新的肛瘘;
(3)内口处理不当：绝大多数是因为内口没有找准确，或没有把感染的原发灶即内口彻底清除;
(4)瘘支管及其瘘空腔清除不彻底：即在手术中没有刮干净坏死组织或清除支管，即可导致复发;
(5)合并全身性疾病，如糖尿病性肛瘘，这类患者的肛瘘除局部处理治疗外，必须进行降糖治疗，只有这样，才可能取得良好的治疗效果。
(6)术后换药不到位，创口过早粘合，形成假愈合;
