鼻咽癌病因大体包括三类，遗传因素、病毒因素、环境致癌因素，经过临床验证，许多鼻咽癌患者的生活习惯非常不好，比如，有长期的吸烟史，自幼爱吃腌制的食物，这些都是导致鼻咽癌以及各类癌症的凶手，专家表示，了解鼻咽癌的病因，才能杜绝癌症对身体的侵害。
遗传因素：鼻咽癌主要见于黄种人。我国南方（广东、广西、湖南、福建）等省和东南亚一些国家是全世界鼻咽癌发病率最高的地区。广东省又以广州、佛山、肇庆等地区的发病率最高，每10万男性中就有18～27个人患此病，而女性占8～9个人。高发区的人即使迁居远地，如到了东北，其后裔仍保持有很高发病的倾向，这说明了鼻咽癌的发生有明显的种族敏感性。此外，不论在高发区还是在低发区中，都可以发现有家族聚集性的倾向。例如普查中就发现有这样典型的例子，一家三代49人中，有10人患癌症，其中9人是鼻咽癌。可以认为，遗传因素在鼻咽癌的病因方面起重要作用。
病毒因素：1964年，有人从非洲儿童恶性淋巴瘤培养成功的一株瘤细胞中，在电子显微镜下观察，发现大量疱疹病毒颗粒，并命名为EB病毒，后来的研究表明，此病毒与鼻咽癌有密切关系。例如，鼻咽癌病人的血清中有对EB病毒各种特异性抗原的抗体反应，而且抗体的量由早期到晚期的发展过程在不断增多；EB病毒大量存在于鼻咽癌活检组织中；EB病毒不但能使人体组织，而且能使接近于人类的灵长类动物的组织发生恶性改变，有明显的致肿瘤作用，等等。根据这些实验结果，有人甚至认为EB病毒可能就是鼻咽癌的病因。
环境致癌因素：许多调查报告和实验结果表明，鼻咽癌的发生与高发区居民的生活环境有关，与衣、食、住、行中接触的一些致癌物质有关。例如，高发区的居民不少自幼喜食咸鱼，咸鱼中含有较多的亚硝胺化合物；病人家庭的烟尘中含有大量芳香族多环烃；此外，高发地区的空气、水源、食物以至于病人的头发中均含有较多的微量元素镍等等，这些物质都被认为具有致癌作用。关于鼻咽癌与环境致癌因素的关系，还有一些不同的看法。
总之，鼻咽癌发生的秘密，还有待于人们进一步探讨。
